Em princípios do século XVII, a corrida de bandeirantes e portugueses às minas de ouro descobertas em terras do atual município (ao que se sabe, por Roberto Dias) foi a origem da corrente inicial do devassamento e povoação de Jacobina. A notícia de exploração de minérios fez fluir ao lugar numerosos contigentes humanos..
Iniciaram-se, também, por essa época, as atividades suplementares de criação de gado e de culturas agrícolas essenciais. À proporção que novas levas de braço chegavam para o garimpo, o arruado a margem do Itapicuru Mirim ia crescendo rapidamente, reunindo população inicial bastante densa e heterogênea.
A exploração aurífera prosseguia fora do controle oficial e em escala tão crescente que o governo da metrópole, para melhor garantir a arrecadação do seu dízimo, por Provisão do Conselho Ultramarino de 13 de maio de 1726, determinou que o Governador da Província criasse duas casas de fundição, sendo que uma devia instalar-se em Jacobina em 5 de janeiro de 1727 e outra em Rio de Contas. O resultado foi surpreendente e auspicioso, arrecadando-se, na mina de Jacobina, em apenas dois anos, cerca de 3.841 libras de ouro, não obstante a difícil fiscalização sobre atividade de tal natureza.
A Coroa promoveu o arraial à categoria de vila mediante Carta Régia de D. João V, datada de 5 de agosto de 1720. Com o nome de Vila Santo Antônio de Jacobina, a nova povoação integrava as freguesias de Santo Antônio de Pambu e Santo Antônio do Urubu. O lugar escolhido para ser sede foi a chamada Missão de Nossa Senhora das Neves do Say, aldeia indígena fundada por padres franciscanos em 1697. A instalação deu-se em 2 de junho de 1722, em solenidade presidida pelo coronel Pedro Barbosa Leal, na qualidade de representante do Vice-Rei e do Governador da Província, Vasco Fernandes César. Por estar situada em lugar distante das minas, a sede da vila foi mudada, em 15 de fevereiro de 1724, da Missão do Say (atualmente pertencente ao município de Senhor do Bonfim) para a Missão do Bom Jesus da Glória, outra aldeia de índios, fundada em 1706 também por missionários franciscanos, que tentaram promover a catequese dos paiaiás. Nesse local, edificaram-se a Igreja e o Convento de Bom Jesus da Glória.
A vila de Jacobina estendia-se por cerca de 300 léguas, em terras de propriedade da Casa da Ponte, dos Guedes de Brito, abrangendo desde o Rio de Contas e indo até os limites de Sergipe, incluindo a Cachoeira de Paulo Afonso. As terras onde se encontra atualmente a cidade pertenceram a Antônio Guedes de Brito, Antônio da Silva Pimentel, João Peixoto Veigas e Romão Gramacho Falcão.
A partir de 1848, a notícia da descoberta de diamantes na Chapada Diamantina determinou o êxodo de grande número de mineiros, sempre ávidos por novas aventuras. Seguiu-se então prolongada fase de paradeiro, que provocou o declínio das atividades locais, causa da demora para a elevação da vila à categoria de cidade, o que só ocorreu em 1880.
